С завершением карьеры футболиста Эменало решил попробовать себя в тренерской роли. В сезоне 2010/2011 специалист присоединился к «Челси» в качестве помощника Карло Анчелотти. Со сменой тренера и приходом на пост наставника Андре Виллаша-Боаша Эменало перебрался в кресло технического директора «синих».
С того момента Майкл отвечает за трансферную политику клуба, привлечение новых кадров в состав, а так же работает над арендными сделками футболистов, нуждающихся в практике.
Со времен прихода Эменало «Челси» добился побед в Лиге чемпионов, Лиге Европы, Премьер-лиге, Кубке Англии, Суперкубке Англии и Кубке Лиги.